التحق الإمام الخامنئي (دام ظله العالي) ولم يتجاوز عمره خمس سنوات مع أخيه الأكبر السيد محمد بالكتاتيب لتعلّم القرآن، وبعد مدة أُرسلا معاً إلى مدرسة ابتدائية دينية هي (دار التعليم الديني).

وهذه المدارس قد تأسّست من قبل المؤمنين بعد عهد القمع الذي أوجده رضا خان، وهدفها الاهتمام بتربية الطلبة دينياً أكثر من أي شيء آخر، ولم تكن تملك صلاحية إعطاء الشهادة الدراسية.

وبعد أن أكمل سماحته المرحلة الابتدائية في هذه المدرسة، التحق بالدراسة المسائية في المدرسة الحكومية وحصل على الشهادة المتوسطة، ثم أنهى دراسته الثانوية خلال سنتين، وحصل على الشهادة الثانوية.

وأمّا في مجال العلوم الدينية، فقد حضر درس الشرائع عند والده، وعندما وصل إلى كتاب الحج طلب منه والده الالتحاق بدرسه (شرح اللمعة/ كتاب الحج)، والتباحث مع أخيه الحاج السيد محمد، وبعدها التحق سماحته بمدرسة نواب للعلوم الدينية وأكمل السطوح هناك، ثم حضر بحث الخارج عند المرحوم آية الله العظمى الميلاني (قده) .

ولقد قل نظير هذا الأمر، وهو أن يشارك شاب في السادسة عشر من عمره في بحث الخارج، ويرى سماحة آية الله العظمى الخامنئي (دام ظله العالي) الفضل في ذلك إلى اهتمام والده فيقول:

(لقد كان والدي العامل الرئيسي في انتخابي طريق العلم النيّر والعلماء، ولقد شوّقني ورغبني بذلك.. فعندما شرعت بالدروس الدينية، كان الفارق في العمر بيني وبين والدي شاسعاً (كان 45 سنة تماماً)، إضافة إلى ذلك فقد كانت لوالدي مكانة علمية بارزة، وكانت لديه إجازة اجتهاد، وتخرّج على يديه الكثير من طلبة العلوم الدينية في مستويات عالية، لذا لم يكن من المناسب وهو في هذه المكانة العلمية أن يدرّسني وأنا في المرحلة الأولى من دراستي، ولم تكن لديه الرغبة ولا الصبر على ذلك، لكن نظراً لاهتمامه بتربيتنا، فقد درّسني وأخي الأكبر ومن بعدنا درّس أخانا الأصغر، فحقّه عظيم علينا في مجال التدريس والتربية وخصوصاً عليّ، لأنّه لو لم يكن موجوداً لما وفقّنا في تحصيل الفقه والأصول.

وقبل ذهابي إلى قم، حضرت – علاوة على دراستي عند والدي – الدروس العامة في مشهد، وفي العطلة الصيفية كان والدي يضع لنا برنامجاً دراسياً ويباشرنا بالتدريس، ولهذا السبب لم يحصل توقف في دراستي خلافاً للذين كانوا يدرسون في الحوزات العامة والتي كانت تعطّل في شهري محرم وصفر وشهر رمضان المبارك وفي العطلة الصيفية، فانتهيت دروس السطوح جميعها وشرعت بالبحث الخارج وأنا في السادسة عشر من عمري).