في صباح يوم 15 خرداد (5 حزيران 1963 ) اندلعت الشرارة الأولى للثورة الإسلامية الإيرانية عندما قام جنود الشاه بمواجهة الانتفاضة التي بدأت من مدينة قم لتعم ارجاء البلاد.

في عصر (3/6/1963) خاطب الإمام الخميني(قدس سره) من مدرسة الفيضية الشاه الإيراني محمد رضا بهلوي بصوت عال في خطاب سمعته آنذاك العاصمة الإيرانية كلها "يا هذا! أنا أنصحك، يا أيها الشاه! يا سماحة الشاه! أنا أنصحك".

عندها اصدر الشاه أمرا باحتجاز الإمام الخميني (قدس سره)، وفي البداية احتجز عدد كبير من أصحاب الإمام الخميني في مساء (1963/6/4)، وفي الساعة الثالثة والنصف من صباح (1963/6/5) حاصر المئات من جنود الشاه بيت الإمام واحتجزوه عندما كان يصلي، ونقلوه إلى طهران، وتم إخبار "منظمة المخابرات والأمن القومي" بخبر احتجاز الإمام، وفي صباح 1963/6/5 وصل خبر احتجاز قائد الثورة إلى بقية المدن الإيرانية.

وعمت أرجاء البلاد مظاهرات احتجاجاً على احتجاز الإمام فما كان من نظام الشاه إلا مقابلة المتظاهرين بالرصاص الحي الذي أدى إلى وقوع المئات من الشهداء ولم يكتف جنود الشاه بالقتل بل قاموا بدفن الشهداء بمقابر جماعية ومعهم العديد من الجرحى الذين كانوا لا يزالون على قيد الحياة ومع احتجاز قائد الثورة وقتل الشعب في 1963/6/5 خمدت الثورة ظاهرياً .

نقل الإمام الخميني (قدس سره) بعد احتجازه 19 يوماً في سجن القصر إلى سجن في ثكنة عسكرية في منطقة عشرت آباد.

رفض الإمام الخميني(قدس سره) في السجن الإجابة عن أسئلة المحققين وأعلن بشهامة أن الهيئة الحاكمة في إيران والقوة القضائية فاقدة للشرعية وغير قانونية .

وفي مساء 1964/4/7 وبدون إعلان مسبق تم إطلاق صراح الإمام الخميني ونقله إلى قم .

عند سماع الشعب لهذا الخبر عمت أجواء السعادة والفرح ارجاء ايران حيث اقيمت ولعدة أيام احتفالات كبيرة في المدرسة الفيضية و المدينة .

وتم الترحيب بأول ذكرى سنوية لانتفاضة 1964/6/5 عبر اصدار بيان مشترك من قبل الإمام الخميني وبقية مراجع التقليد و البيانات المنفصلة للحوزة العلمية حيث اعلن يوم حداد رسمي .

وفي هذا اليوم (1964/10/26) أصدر الإمام الخميني بيانه الثوري و قال فيه :

ليعرف العالم كله أن كل مصائب الشعب الإيراني و الشعوب المسلمة هي من الغرب وأمريكا، إن الشعوب الإسلامية تكره الغرب وأمريكا، إن أمريكا هي التي تدعم إسرائيل وأتباعها، إن أمريكا هي التي تمنح القدرة لإسرائيل كي تشرد الشعوب المسلمة .

إن إفصاح الإمام الخميني عن قانون الحصانة (الكابيتولاسيون ) وضع إيران في (October 1964) على مشارف ثورة جديدة .

وفي صباح 1964/10/17 حاصر مرة أخرى جنود الشاه منزل الإمام في قم و كما كان في السنة الماضية صادفت مع المناجاة الليلية للإمام حيث احتجز الإمام ونقل مباشرة بواسطة القوى الأمنية إلى مطار مهرآباد في طهران ونقل بواسطة طائرة عسكرية مجهزة تحت اشراف ضباط الأمن والجيش إلى أنقرة .

وعند عصر ذلك اليوم نشرت "منظمة المخابرات والأمن القومي" خبر نفي الإمام الخميني بتهمة الثورة ضد أمن البلد .

وعلى الرغم من جو الكبت والتضييق ظهرت أمواج من الإعتراضات على شكل مظاهرات في سوق طهران، وتعطيل دروس الحوزة لمدة طويلة وإرسال رسائل طويلة إلى الهيئات الدولية ومراجع التقليد .

دامت إقامة الإمام في تركيا إحدى عشر شهراً وفي أثناء هذه المدة عمل نظام الشاه بقسوة غير مسبوقة على إبادة بقايا الثوريين في إيران وفي أثناء غياب الإمام أسرع النظام إلى إعادة الإصلاحات الأمريكية.

يعتبر الكثير 15 خرداد (5/6/1963)بداية لنهضة الإمام الخميني(قدس) ذلك اليوم أدى الى نفي الإمام 15 سنة واصبح نقة عطف في تاريخ إيران والعالم اجمع.