كان الباقر محمد بن علي بن الحسين عليهم السلام بين إخوته خليفة أبيه علي بن الحسين عليه السلام، ووصيه والقائم بالإمامة من بعده وبرز على جماعتهم بالفضل في العلم والزهد والسؤدد وكان أكثرهم ذكرا واجلهم في العامة والخاصة وأعظمهم قدرا ولم يظهر عن احد من ولد الحسن والحسين (سلام الله عليهما) من علم الدين والآثار والسنة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب، ما ظهر عن أبي جعفر عليه السلام.. (الإرشاد- الشيخ المفيد).

أبوه الإمام علي بن الحسين زين العابدين عليه السلام، وجده الإمام الحسين سيد الشهداء بن علي بن أبي طالب عليهما السلام، وأمه فاطمة بنت الإمام الحسن بن علي (سلام الله عليهم)، فهو سليل أمير المؤمنين الإمام علي بن أبي طالب، جدا وأبا وأما. ولد عليه السلام سنة 57هـ من الهجرة النبوية الشريفة، واستشهد بها في السابع من ذي الحجة عام 114هـ. وهو هاشمي من هاشميين، علوي من علويين، وقبره بالبقيع من مدينة الرسول الأكرم (صلى الله عليه وآله).

بدأ يتلقّى علومه على يد أبيه ونشأ وترعرع في ظلال أبيه الإمام زين العابدين يحيا حياته في الزهد والعبادة والعرفان ويعيش آلامه ومآسيه.

ويذكر المؤرخون في سيرة الإمام الباقر (سلام الله عليه) الشخصية، أنه كان "كثير الذكر، كان يمشي وإنه ليذكر الله، ويأكل الطعام وإنه ليذكر الله، ولقد كان يحدث القوم وما يشغله ذلك عن ذكر الله، وكان يجمع ولده فيأمرهم بالذكر حتى تطلع الشمس، ويأمر بالقراءة -قراءة القرآن- من كان يقرأ منهم، ومن كان لا يقرأ منهم أمره بالذكر، وكان ظاهر الجود في الخاصة والعامة، مشهور الكرم في الكافة، معروفاً بالتفضّل والإحسان مع كثرة عياله وتوسّط حاله.

لقد توفرت في شخصية الإمام أبي جعفر عليه السلام جميع الصفات الكريمة التي أهّلته لزعامة هذه الأمة، حيث تميّز هذا الإمام العظيم بمواهبه الروحية والعقلية العظيمة وفضائله النفسية والأخلاقية السامية ممّا جعل صورته صورة متميّزة من بين العظماء والمصلحين، كما تميّز بحسبه الوضّاح، بكل ما يمكن أن يسمو به هذا الإنسان. وكان الإمام محمّد بن علي الباقر عليه السلام جامعاً للكمالات الإنسانية في سيرته وسلوكه، فكان أهلاً للإمامة الكبرى بعد أبيه زين العابدين (سلام الله عليه).

بدأت طفولته عليه السلام، في غمرة جحيم الأحداث المتوالية ضد محبي أهل البيت، أمّا الحكم الأموي، فقد عانى عليه السلام منه الكثير. عاصر حكم يزيد، وشهد حكم عبد الملك والوليد وهشام ابنيه، كما رأى مسلك الحجّاج ابن يوسف، هذا الذئب من ذئاب جهنم، رأى الحصار الذي فرض على أبيه الجليل، رأى كيف كان الناس يتحرّكون بكامل حرّيتهم؛ فيقولون ما يشاؤون ويكتبون ما يشاؤون، إلاّ أهل بيت الرسول، فالحرّيّة محظورة عليهم، والناس لا يجرؤون على الاقتراب من بيت الإمام، أو سؤاله عن أيّ مسألة، دينيةٍ كانت أم غير ذلك، لا لشيءٍ، إلاّ لأنّ زين العابدين هو ابن الحسين وحفيد علي بن أبي طالب عليهم السلام. ورغم هذا التضييق الشديد فقد كان هناك رجال صدقٍ، لا يأبهون لأوامر الحكّام.

روی الزبير بن مسلم المكي قال، كنا عند جابر بن عبد الله الأنصاري من أصحاب رسول الله صلی الله عليه وآله وسلم فأتاه علي بن الحسين ومعه ابنه محمد الباقر وهو صبي، فقال علي لابنه محمد، قبَل رأس عمَك .فدنا محمد من جابر وقبَل رأسه .فقال جابر، من هذا، وكان قد كفَ - فقد بصره -. فقال له الإمام علي بن الحسين: هذا ابني محمد .فضمَه جابر إليه وقال: يا محمد جدَك محمد رسول الله يقرئك السلام .

فقالوا: كيف ذلك يا أبا عبد الله .

قال: كنت عند رسول الله (صلى الله عليه وآله) والحسين في حجره وهو يلاعبه، فقال لي: يا جابر يولد لولدي الحسين ابن يقال له علي، ..ويولد لعلي ولد يقال له محمد، يا جابر إن أدركته فأقرئه مني السلام، وإن لاقيته فاعلم ان بقاءك بعده قليل. فلم يعش جابر بعد ذلك غير ثلاثة أيام. (الإرشاد - للشيخ المفيد).

بناء علی ذلك لقب محمد بن علي علیه السلام بالباقر، اي المتبحر بالعلم، المستخرج لغوامضه ولبابه وأسراره والمحیط بفنونه .

رحل الإمام السجاد عليه السلام، إلی جوار ربه الأعلى سبحانه عام (95) هـ شهيدا مظلوما فنهض الإمام الباقر عليه السلام بأعباء إمامة المسلمين وقد امتدت إمامته تسع عشرة سنة.

لقد عاني الإمام الباقر (سلام الله عليه) من ظلم الأمويين منذ أن ولد وحتى استشهد، ما عدا فترة قصيرة جدا هي مدة خلافة عمر بن عبد العزيز التي ناهزت السنتين والنصف. فعاصر أشد ادوار الظلم الأموي، ولقد أدرك في صباه مجزرة كربلاء الدامية وتجسدت بين عينية أشباح مجازرها الرهيبة. كما أشرف على أفول هذا التيار الجاهلي وتجرّع من غصص الآلام ما ينفرد به مثله وعيا وعظمة وكمالا. لقد عاش الإمام محمد الباقر(سلام الله عليه) طيلة حياته في المدينة المنورة يفيض من علمه على الأمة المسلمة، ويرعى شؤون الجماعة الصالحة، مقدما لها كل مقومات تكاملها وأسباب رشدها وسموها.

لقد كان الإمام الباقر عليه السلام مقصد العلماء من كل بلاد العالم الإسلامي. وما زار المدينة احد إلا عرّج على بيته يأخذ من فضائله وعلومه، وكان يقصده كبار رجالات الفقه الإسلامي، كسفيان الثوري و أبي حنيفة. روى عنه معالم الدين؛ بقايا الصحابة ووجوه التابعين ورؤساء فقهاء المسلمين.

وأشار إلى مثل ذلك أحد كبار الرواة في ذلك العصر، وهو عبد الله بن عطاء، بقوله:"ما رأيت العلماء عند أحد، أصغر علماً منهم عند أبي جعفر، لقد رأيت الحكم بن عتيبة عنده -وهو شخصية علمية معروفة في ذلك العصر- مع جلالته في القوم بين يديه، كأنه صبي بين يدي معلّمه". كما قال عنه أحد رواته وهو محمد بن مسلم: "سألته عن ثلاثين ألف حديث".

ورغم تلك الظروف المأساوية أستطاع الإمام عليه السلام، ان يربي أعداد كثيرة من الفقهاء والعلماء والمفسرين حيث كان المسلمون يقصدونه من شتى بقاع العالم الإسلامي وقد دانوا له بالفضل بشكل لا نظير له، ولم يعش منعزلا عن أحداث الساحة الإسلامية، وخاض الإمام الباقر عليه السلام صراعا مريرا ضد العقائد المنحرفة التي نشطت في عصره، وساهم بشكل ايجابي في توعية الجماهير ضد هذه الانحرافات الفكرية والعقائدية، وتحريك ضمائرها وسعى لرفع شأنها وإحياء كرامتها بالبذل المادي والعطاء المعنوي كآبائه الكرام وأجداده العظام ولم يقصر عنهم عبادة وتقوى وصبرا وإخلاصا وجهادا وكان قدوة شامخة للجيل الذي عاصره ولكل الأجيال التي تلته.

كان عصر الإمام الباقر عليه السلام، من أدقّ العصور الإسلامية، وأكثرها حساسيةً، فقد نشأت فيه الكثير من الفرق الإسلاميّة، وتصارعت فيه الأحزاب السياسيّة، كما عمت الناس ردّه قوية إلى الجاهلية وأمراضها، فعادوا إلى الفخر بالآباء والأنساب، ممّا أثار العصبيّات القبلية وعادت الصراعات القبلية إلى الظهور، وهذا ما شجّع عليه حكام بني أميّة، كما انتشرت مظاهر التّرف واللهو والغناء، والثراء الفاحش غير المشروع.

تصدّى الإمام عليه السلام لكلّ هذه الانحرافات، فأقام مجالس الوعظ والإرشاد، كي يحفظ لدين جدّه نقاءه وصفاءه. كما تصدّى عليه السلام للفرق المنحرفة، فاهتمّ برعاية مدرسة «أهل البيت». والتفّ حول الإمام الباقر علماء كثيرون، نهلوا من صافي علومه ومعارفه في الفقه والعقيدة والتفسير وعلوم الكلام.

إن دراسة حياة الباقر(سلام الله عليه) تكشف لنا، أنَّ مرحلته كانت من أشدِّ المراحل التي مرّت على العالم الإسلاميّ آنذاك، وهي مرحلة انتقال الخلافة من الأمويين إلى العباسيّين، والتي عاش فيها المسلمون صراعاً عنيفاً انتهى بسقوط العهد الأمويّ وبداية العهد العباسيّ، والإمام الباقر(سلام الله عليه) هو الذي استطاع أن يغني الواقع الإسلاميّ في العمق والامتداد، ذلك أنَّ الظروف السياسيّة، كانت بين وقت وآخر تضغط على هذا الإمام أو ذاك، فتمنعه من أن يبلّغ رسالته كاملةً غير منقوصة، بفعل الاضطهاد الجسدي والمعنوي ومصادرة الحريّات وما إلى ذلك، ما منع بعض الأئمة من أن يزيدوا في عطائهم الإسلامي في ما يتضمنه الإسلام من عقائد وقضايا ومفاهيم ومناهج ووسائل وأهداف، فلقد كانت مشكلتهم مع أكثر من حاكم في تلك المراحل، هي أنَّ هؤلاء الحاكمين كانوا يعرفون ما يملكه أئمة أهل البيت(ع) من غنى الفكر والروح والحركة مما لو اطّلع الناس عليه لأقبلوا عليهم كما يُقبل الظامئ على الماء، والرواية التي يذكرها المفيد في الإرشاد توضح هذا المعنى، فقد قال: حجَّ هشام بن عبد الملك، فدخل المسجد الحرام متكئاً على يد سالم مولاه، ومحمد الباقر بن علي بن الحسين عليهما السلام، جالسٌ في المسجد، فقال له سالم مولاه: يا أمير المؤمنين، هذا محمد بن عليّ، قال هشام: المفتونُ به أهلُ العراق؟.

إن هذه الرواية تظهر لنا أيضا، كم كان المسلمون يلجأون إلى أهل البيت(سلام الله عليه) في قضاياهم العقائدية والاجتماعية والفقهية، وكم كان الحكام يحاصرونهم ويصدّونهم عن التحرّك في تبليغ ما أمر الله تعالى. فالحكّام يمنعون الإنسان من أن يفكّر بحريّة، ويمنعون المفكّر من أن يعلن عن فكره بحريّة، فهم يحاصرون الحريّة لأنّهم يخافون منها ومن الفكر عندما يعبّر عن نفسه في مستوى قضايا الناس في العدالة والقوّة وما إلى ذلك...

لقد عاش الإمام الباقر عليه السلام في أواخر الحكم الأمويّ، وكان الأمويون في صراعهم مع العباسيين مشغولين عنه من أجل الحفاظ على ملكهم، كما انشغل العباسيون عن ابنه الإمام الصادق عليه السلام من أجل تأسيس ملكهم. ولذلك اندفع الإمامان الباقر والصادق عليهما السلام، ليغنيا الساحة الإسلامية بما وهبهما الله من علم، وعلمهما هو من علم رسول الله صلى الله عليه وآله. فالله أعطى رسوله صلى عليه وآله، علم ما أراد أن يبلّغه مما يحتاجه الناس، والأئمة(ع) أخذوا من رسول الله(صلى الله عليه وآله) ذلك كلَّه.. وفي تلك الفترة، كان الإمام الباقر ومعه ولده الإمام جعفر الصادق عليهما السلام، يتحرّكان في مدرسة مفتوحة على الواقع الإسلامي كلِّه، فبالرغم من أنّهما كانا يمثّلان في موقعهما المميّز عنواناً مذهبياً في ما يعتقده الكثيرون من المسلمين بأنَّهما إمامان في موقع الوصاية من رسول الله صلى الله عليه وآله، لكنهما في مدرستهما الواسعة التي بدأها الإمام الباقر(سلام الله عليه)، كانا منفتحين على الواقع الإسلامي كلِّه، فنرى أنَّ مختلف العلماء ممّن يلتزمون اجتهاداً معيّناً، سواء أكان ذلك في خطِّ المذهبيّة الكلامية مما يختلف فيه الناس في علم الكلام، أو المذهبيّة الفقهيّة مما يتنوّع فيه الناس في مذاهبهم الفقهية، أو في بعض حركيّة المفاهيم في الواقع الاجتماعي الذي كان يعيشه الناس، نرى أن كلَّ هؤلاء العلماء كانوا تلامذة هاتين المدرستين اللتين ليستا إلا مدرسة الإسلام.

قضی الإمام الباقر عليه السلام عليه السلام، زهاء السنتين من فترة إمامته التي امتدت تسع عشرة سنة، في حكم الوليد بن عبد الملك وسنتين في عهد سليمان بن عبد الملك -هي مدة حكمه- ثم تولی عمر بن العزيز قيادة الحكم الأموي فحدث تتحول كبير في سياسة الدولة، ورغم قصر أيام الرجل المذكور في الحكم، إلا أن مواقفهم من أهل البيت عليهم السلام، كان فيها شيء من الاعتدال، إذ عمل علی رفع بعض أنواع الظلم الذي لحق بهم، فرفع السبَ عن الإمام أمير المؤمنين علي بن أبي طالب عليه السلام من علی المنابر، ذلك الذي سنَه معاوية وعمَمه علی الأمصار، فصار سنَة يستن بها سلاطين بني أمية إذ كانوا يأمرون أئمة المساجد بسبَ الإمام علي عليه السلام في خطبة الجمعة واستمر ذلك عشرات السنين حتى عهد عمر بن عبد العزيز الذي منعه.

كما أعاد فدكا -وهي منحة الرسول الأكرم صلی الله عليه وآله وسلم إلی ابنته سيدة نساء العالمين فاطمة سلام الله عليها- إلی الإمام الباقر عليه السلام معتبرا أمر مصادرتها من لدن الحكام السابقين لا مبرر له .

وبالنظر إلی أن البيت الأموي لم يألف مهادنة أهل بيت الرسالة عليهم السلام، فان عمر بن عبد العزيز كان يواجه الضغط من بني أمية بسبب سياسته الانفتاحية عليهم، ولم يدم حكمه أكثر من سنتين وخمسة أشهر إذ انه مات في ظروف غامضة ومشكوكة .

وتولی الحكم بعده يزيد بن عبد الملك المشهور تاريخيا  بلهوه وخلاعته وغزله الماجن، وربما كان انشغاله بأعماله الصبيانية ومجونه لم يعطه فرصة للتصدي لمسيرة الإسلام التاريخية التي يقودها الإمام الباقر عليه السلام .

ثم جاء هشام بن الملك الذي تولی الحكم الأموي المنحرف بعده وغير الوضع، فقد كان خشن الطبع شديد البخل فظا جاهلي الطباع ناقما علی المسلمين من غير العرب، فضاعف من حجم الضرائب المالية عليهم وأعاد أيام يزيد والحجاج الدموية، لذا تصدی له أنصار أهل البيت عليهم السلام من خلال انتفاضة الشهيد زيد بن علي بن الحسين عليه السلام التي كانت صدی لثورة الحسين عليه السلام وامتدادا لها، فاستشهد هو وأصحابه وأمر الطاغية هشام بصلب جثته ومن ثم حرقها وذر رمادها في نهر الفرات - تاريخ الإسلام / ج1.

راح هشام بن عبد الملك يلاحق أنصار الإمام الباقر ومريديه واحدا بعد الآخر، فاصدر أمرا إلى واليه علی الكوفة يقضي بقتل جابر بن زيد الجعفي الذي كان من كبار العلماء ومن ابرز تلامذة الإمام الباقر عليه السلام. غير أن الإمام الباقر عليه السلام قد افشل المخطط بان أمر تلميذه بالتظاهر بالجنون كطريق وحيد لضمان نجاته من القتل، وهكذا كان إذ راح جابر يلعب مع الصبيان متظاهرا بالجنون، فكتب والي الكوفة إلى هشام عن جابر انه (كان رجلا له فضل وعلم وجنَ، وهو دائر في الرحبة مع الصبيان، وبذلك نجی جابر من القتل). مناقب آل أبي طالب /ج4.

إن هشام بن عبد الملك كان واثقا من أن مصدر الوعي الإسلامي الصحيح إنما هو الإمام الباقر (سلام الله عليه)، وان وجوده حرا طليقا يمنحه مزيدا من الفرص لرفد الحركة الإصلاحية في الأمة، لذا اتجه المكر الأموي نحو اعتقال الإمام الباقر(سلام الله عليه) وإبعاده عن عاصمة جده المصطفی صلى  الله عليه وآله، التي أجمعت هي والحجاز عموما علی إجلاله والتمسك به . وهكذا حمل الإمام عليه السلام وابنه الصادق عليه السلام إلی دمشق بأمر السلطة الأموية لإيقاف تأثيره في الأمة المسلمة، وأودع في احد سجون الحكم هناك. غير أن تأثره الفكري فيمن التقی بهم حمل السلطة الأموية علی إطلاق سراحه .

وعندما لم تحقق المضايقة الاموية غاياتها الدنيئة ضد الإمام الباقر(سلام الله عليه) عن النهوض بمهامه الرسالية العظمی فقد رأت السياسة المنحرفة انه ليس لها عن اغتياله من بديل.

وهكذا دس إليه السم بواسطة إبراهيم بن الوليد بن عبد الملك بأمر من هشام بن عبد الملك فرحل إلی ربه الأعلى سبحانه شهيدا صابرا محتسبا يوم الاثنين السابع من ذي الحجّة سنة 114 هجريّة على المشهور، وعمره الشريف يومذاك سبعة وخمسون عاماً، فدُفن في البقيع بالمدينة خلف أبيه زين العابدين وعمّ أبيه الحسن بن عليّ عليهم صلوات الله أجمعين.

وفقدت الأمة بذلك إماما من أهل بيت النبي الأكرم صلی الله عليه وآله وسلم وغصنا شامخا من هذه الشجرة الطاهرة .